原稿は手書きでも良いですか？

大丈夫です。ただし手書き原稿ですと文字入力を当社で行う必要があり、自費出版の場合は入力料金を別途申し受けることになりますので、データをいただける場合に比べていくらか割高になります。原稿用紙に楷書で丁寧に記入していただけると、入力ミスも少なくなり、後々の工程がスムーズに進みます。
過去に大学の紀要などに発表された論文を出版される場合、紀要の抜き刷りなどをそのまま原稿として渡していただいても結構です。